第四关：南极州
(Antarctica)
大雪飘飞的南极州，不仅有企鹅栖居在这里，还有灰色人种(Gray)在这里活动。由传送点出来是一座山洞，与旁边的灰色人首领对话得知他们的伙伴被人类的教会武士捕捉去了。离开山洞往前到一座山坳，正中央是一间简易房，附近有机器人和武士在巡逻看守，利用石头的障碍潜行过去，在旁边的笼子解救出被囚禁的灰色人，然后按照Billie Adams的提示潜入到简易房里，操作里面的电脑将外面巡逻的机器人解除，从桌子上的数据卡拿到密码，利用通讯仪与Billie Adam谈话。
离开简易房进入写有“Site X”字样的洞穴，穿过去一路杀下斜坡，沿途有大量的重甲武士和枪塔阻击，前方就是JC Denton的避难所，阅读入口处的数据卡，操作前面的控制电脑的数据模块进入建筑的内部。
要启动JC Denton超级电脑的太阳神智能系统(Helios AI)，需要启动五个数据模块才行，每开启一个会发生空间转移。在打大厅找到通讯仪与Ava谈话，然后启动大厅中央控制电脑的数据模块来到一个房间，与面前的灰色人对话，书架上有龙牙剑可拿，然后上楼梯找到第二个数据模块传送到一间办公室，在里面启动第三个数据模块传送到会议室，穿过卫生间找到第四个模块传送到工厂内部，这时会遇到Billie Adams，这时可选择杀不杀她，如果不杀的话在最后的关卡她还会出现，处理完她到前面找到第五个数据模块返回到先前的大厅之中。
与全息成像通讯仪里的JC Denton通话，然后离开这里回到外面的山谷，这里的敌人会重新布署，激战之后退回到最初的雪谷，收到Saman的通讯约定在4号简易房通话，结果进入简易房后受到了大批敌人的包围，才知道是被他算计了，杀出重围进入标志着“Abandoned Base”的废弃基地，接下来要做的是利用这里的机场返回到埃及开罗。
根据Tracer Tong的提示点亮灯塔须启动基地下层的发电机，在一排厂房前面的平台上是控制灯塔的控帽台，没有接能电源现在还不能操作，进入旁边的屋子找到电脑，用它可解除掉外面的炮塔。左右两边的厂房分别标有A、B字样，在A区的厂房里可找到火焰喷射器，数据卡里存有两张基地的地图，上层的办公室和寝室可以找到很多的补给装备。绕到厂房的后面在墙上找到一条风道，由此可潜入B区厂房，找到楼梯下去到基地的底层，在楼梯根部的右侧有风道可潜入牢房区域，在里面有名囚犯不用理会，如果放他出来会受到攻击。沿牢房通道找到电力供配室，启动发电机的开关恢复电力供应，这时按原路回到外面的平台，操作平台上的控制开关点亮灯塔，然后由B区厂房的二楼台球室出去到停机坪，乘飞机返回到埃及开罗。
第五关：开罗，埃及(第二部分)
(Cairo, Egypt 2)
在本关中将面对几种势力的倾向选择，会影响到游戏故事的结局。比如Illuminati方面会交给你刺杀Paul Denton的任务，而教会方面则希望你救援Paul Denton。后面教会方面要求你加入他们的行列，但需要检测你的血清，是否将血清交给Todd博士也会影响到你与三个派系之间的关系，为了能打全三种结局，建议玩家在选择前存档。
回到开罗的麦地那，在街道与QueeQueg咖啡馆的老板谈话得到Pequod咖啡馆保险箱的密码，与旁边的Sid Black对话，雇他担任飞往纽约的驾驶员。与门前的Illuminati战士对话得到刺杀Paul Denton的任务，穿过铁栅到麦地那北部转转，陆续会收到Nicolette和JC Denton的来电。在清真寺遇到求助的Leo，给他500块钱资助他离开德国。在街道上还会遇到教会的Lin，和她谈起驻扎在这里的Illuminati部队。
在住宅区与那两名Omar商人谈话采买一些补给，再到Nassif叔叔的家里，老人怀疑有人悬赏取他家人的性命，于是到住宅区的最上层调查真相，潜入寝室看到Silas Archer正和教会武士谈话，将他们杀死后再回去找Nassif叔叔获取报酬。
在清真寺里发现被重兵把守，受Nicolette之托要替这里受困的难民解围。先清理走廊和地下室里散布的警卫，注意门口的一人身上有火箭筒要拿到它，在搜集足够的弹药和补给之后到大厅，使用火箭筒将那只巨大的机器人轰倒，任务完成。到地下室与难民妇女Ameer对话得到警卫室保险箱的密码，然后找医师和医疗机器人补血，在清真寺里有电梯直接通往生态建筑内部。
出电梯会遇到敌兵的阻击，这时收到Dumier的来电，要你前去解救被俘的Klara。前往108层清除大厅的警卫，在警卫室摧毁枪塔和监视器，用Ameer给的密码打开柜子拿到武器配件和补给。杀到107层与角落的NG谈话，得知她被困在110层。在咖啡馆墙上的箱子可拿到一些装备，越过咖啡馆找到维护通道的入口沿斜坡下去，走廊尽头的门被WTO警卫把守着，要救Klara则要杀掉这里的警卫，在里面找到Klara和一些装备。
乘电梯到候机大厅，与一名士兵会话后沿斜坡走下去找到一台全息通讯仪与教会的Saman通话，他邀请你加入教会，但要将血清样本交给24号机库里的Todd博士，在通话之后附近的教会武士不再对你攻击，这时到23号机库与Leila Nassif谈话，然后前往储藏室与里面的NG谈话。接下来面临立场的选择，前往24号机库与Todd谈话，如果将血样交给他会加入教会，这时收到Saman发来的讯息要你前往纽约城，如果拒绝则马上会触发战斗，然后接到刺杀保罗的任务。最后到23号机库走廊到贵宾室使用控制台启动灯塔，与飞行员Ava离开埃及前往纽约的自由岛。
第六关：自由岛，纽约
(Liberty Island, New York)
这是最后的关卡，根据玩家之前的选择会遭遇不同的人物、接受不同的任务并产生不同的结局。在前面的一些暗杀行动中，如果没有杀死目标人物，在本关中他们都将出现，并且因为你立场的不同而帮助或攻击你。
虽然本关充满了人物和剧情的变化，但行动的路线是相同的。在到达自由岛后会收到Ava发来的地图，接下来寻找JC Denton研制的阿奎奈电脑程序，并将它上载到博士的超级电脑数据库中。在开始的广场收集补给并杀掉附近的敌兵，陆续会收到Saman、JC或Tracer Tong的来电。往前在自由女神像的基座找到一道门进入一个破坏的大厅，大厅的正中央就是存储程序的电脑，先不要摧毁它，清除掉附近的敌人再说。
在找到阿奎奈程序之后会收到刺杀其它派系首脑的任务，可根据你的立场选择杀掉另外派系的首领，他们会在自由岛的不同地点出现：ApostleCorp方面Tracer Tong在自由岛东部的北码头一间小屋里;教会的Saman也在自由岛的东部，码头外面的一座仓库建筑里;Illuminati方面的Chad Dumier和Nicolette DuClare则在自由岛西部南码头的简易房里。
最后在自由岛的西部找到UNATCO废墟，这里就是超级电脑的所在地，要注意游戏的隐藏场景也在这里面。在废墟的第一个房间找到一面插在地上的小旗，拨起来前往地下的居住区，在走廊尽头的一个房间找到只有一只马桶的卫生间，将手里的小旗插到那只马桶上即可来到隐藏场景。这里就是夜总会的场景，在本游戏中出场的主要人物都会在这盛大聚会中出现，或唱歌，或劲舞，或闲聊。巡游各处还会收集到一些日志，了解游戏开发和角色人物的背景情况。
在废墟的住宅区附近还会遇到Billie Adams，如果当初没有杀掉她，并且你选择教会的立场，这时她会帮助你消灭敌人，否则就会对你举起枪管。赶到控制室找到超级电脑，这时要按照任务要求分别选择将程序上载给Illuminati、Templars 或JC Denton一方。如选择帮助ApostleCorp，他们希望你上载阿奎奈程序，将它与太阳神系统合并，使他们的文化和人性得到提升和进化。如选择帮助Illuminati，他们希望将阿奎奈程序上载到Illuminati的系统里，杀掉JC Denton并摧毁他的系统，这样他们将进入超前繁荣的光明时代。如果选择背叛并加入教会，Leo会要你摧毁JC的电脑系统。根据三个不同的立场和路线，游戏会有三个结局。完成程序的上载后离开废墟，回到自由女神像基座的大厅，根据任务要求保留或摧毁JC Denton的电脑系统，游戏至此结束。
