第二关：开罗，埃及(第一部分)
(Cairo, Egypt 1)
开罗有座标志性的生态建筑(Arcology)，它有110层之高，机场和候机大厅就位于生态建筑的顶部。由电梯可通达107-108层，这里有学校、社团等单位，由此还可前往麦地那区域，那里分为温房、清真寺和住宅区几个地方。
降落后由机库到走廊收到WTO方面Morgan的来电，她要你摧毁Leila Nassif叔叔的温房。接着又收到教会方面Lin的来电，她要你到清真寺找Billie Adams接头。经由候机大厅上一条斜坡的走廊找到电梯，往下来到107层找到QueeQueg咖啡馆，之后到麦地那还可找到Pequod咖啡馆，两个老板会委托你完成同一桩任务，为他咖啡馆寻找NG做代言人，完成任一方都可得到生物药剂的报酬。在咖啡馆的大厅角落找到舞动身肢的NG，谈话接到搜集经纪人腐败证据的任务。由108层的电梯往机场，找到NG经纪人后贿赂他为咖啡馆安排NG做代言人，然后找咖啡馆老板拿报酬，并把经纪人贪污的证据告诉给那名NG。
接下来前往麦地那区域，电梯在一条维护通道里，它就在咖啡店的右侧。来到麦地那的南部，这里有两条通道，右方前往温房，左方前往清真寺和住宅区。沿左边的街道前行找到咖啡馆，找老板接到找NG的任务。往前到麦地那的北部，在清真寺前与Sheriff交谈得到清真寺地图，进到清真寺会被解除武装，在大厅里找Billie和Saman交谈，得知这里的人民遭受瘟疫的侵害，她要你去找Omar商人寻求解决之道。在Saman离开后跟着他到楼上办公室，从柜子里拿到一些补给，接着由寺庙另一边的通道往地下室探看被瘟疫感染的病人，在一个房间里遇到医师和妇女Ameer以及她的女儿Mina，与Ameer谈话得知Mina被感染，她希望能进到塔尔苏斯学校以得到良好的治疗，主角要进到学校的电脑接受Mina的入学申请。
离开清真寺往住宅区，在上层的走廊里找到Leo，交谈后得到前往生态建筑调查教会内部间谍的事件。与尽头的两位Omar商人打听瘟疫的治疗方法，他要主角前往24号机库去寻找有关的线索，并且得知在110层有人会帮助你打开24号机库的大门。在住宅区还可找到一间牢房，与里面的Harvester谈话得到前往上层的住宅区刺杀警卫队长的任务。在住宅区可找到Nassif博士叔叔的住处，进去与老人谈话得到两个任务，一个是调查塔尔苏斯，另一个前往学校寻找他失踪的小女儿。在住宅区的顶部是武士的秘密据点，由风道潜进去从卧室可找到一间密室的通行密码。
接下来去完成破坏温房的任务，回到麦地那的南部，在前往温房的路上会遇到阻路的匪徒，这时可选择乖乖交钱过去，或者直接杀掉他们。来到温房会有多种选择来完成任务，一是破坏过滤器，二是破坏控制电脑程序，三是利用火焰喷射器直接烧毁种植的作物。在完成温房任务后杀出胡同，由电梯返回到生态建筑。
在107层有个教会的征兵处，往右边找到学校入口，在左侧有风道可以钻进去，在尽头可偷听到征兵处的两人谈话，得知他们将对住宅区的Omar商人执行抓捕计划。来到学校与接待员对话，然后往左边到学校走廊，绕到招待前台的里面使用电脑接纳Mina的入学申请。
到实验室门外找警卫接任务，进入实验室杀小怪物，然后由风道钻进去在一间储藏室找到失踪的学生，其中包括Nassif叔叔的女儿Eev。这时要到校长的密室里调查校长与教会勾结的证据，密室有两种进入的方法，一种是到校长室找Silas谈话，地上的数据卡可得到密码，观察竖旗的后面有一道密码锁可开启密室的通道。另一种方法是由储藏室的风道潜入。进入密室后操作电脑解除监视器和枪塔行动状态，阅读桌上的数据卡拿到密码，然后按Donna的提示前往108层的社团区域寻找受困的Leila Nassif教授。
到108层进入社团区域(Corporate Suites)，进去遇到美女枪手Klara Sparks，帮她解决掉房间里的警卫，往左边转入走廊在柱子后找到电脑，用它来解除激光防护和枪塔的运作，在左边的会议室可找到警卫队长Chief，他就是麦地那的Harvester委托要杀的人，如果在这里不杀他，Chief还会在最后的关卡出现，是敌是友还要看你以后的选择。杀掉他的话可以找Harvester拿到生物药剂，不杀的话可得到机库的通行密码。
在办公室遇到大批的敌人，杀掉后穿出去到实验室，这时会收到教会Lin的指令，她要你阻止Nassif博士的研究成果付诸实践，在实验室的柜子里可找到生物药剂，然后到里面找Leila Nassif，可以按教会方面的要救杀掉她，也可以留她一命套问到很多的讯息，完成WTO方面的任务。Leila Nassif提议前往德国找宗教领袖Tracer Tong，他是唯一与JC Denton联系密切的人。
返回到麦地那的北部找Leo和Omar商人，通知Leo教会方面的人会展开抓捕行动，然后前往清真寺找难民Ameer汇报她的小女儿Mina被接纳入学的消息。稍后再返回去找Omar商人和Leo谈话，他们为提供有用的情报付给400块钱报酬。再前往Nassif的住所通知他女儿Eeva消息得到300块报酬。
回到候机室找税务稽查官透露教会人员从事军火走私的消息，拿到200块报酬。由电梯到107层找NG谈话完成搜查任务得到300块报酬。如果当初放警卫队长一条生路的话，在进入维护通道时会收到一个通行密码，到前面走廊操作电脑使里面的数据共享，完成教会方面的任务。
在完成开罗所有的支线之后，到107层的咖啡馆找飞行员Sid或Ava前往德国。
第三关：特里尔，德国
(Trier, Germany)
降落到特里尔后收到Sid的通讯，他让你到九世界旅馆去找宗教领袖Tracer Tong。调查广场的椅子有一张数据卡，阅读后拿到市区地图。广场旁边是警局总部(SSC)，由右边的胡同穿过去找到QueeQueg咖啡馆，与里面的老板交谈，他让你前往警局调查为何他与Pequod咖啡馆的诉讼案子会被拖延。在咖啡馆里还有一名黑市商人，与之交谈得知九世界旅店上面有家古董店，在里面可找到神秘的黑市商人，从他手里拿到古董店的通行密码。
离开咖啡馆在一侧的胡同找到一台ATM机，利用黑客技术可盗取600块，地上还有个井盖，里面的下水道通往黑门废墟先不用进去。沿胡同前行找到九世界旅馆，右边的墙上有一道梯子通往屋顶的停机坪。进入旅馆上楼梯用密码开门进去找到Omar商人，从他们手上可买到生物药剂。到楼下的旅店往左边的圆桌听取两个客人的谈话，得到调查武器店(Nur Gewehre)的任务。
由旅馆的大厅往右边走有间会议室，与Tracer Tong对话得到前往黑门实验室(Black Gate Lab)救援教皇的任务，在要离开时收到Dumier发来的讯息，要你前往警局会面。出旅馆往右走是一间武器配件商店，有玻璃静音器的配件可装到武器上，悄悄打碎玻璃进去拿装备。由广场进入警局，前往证物室(Evidence)门前先用电脑解除掉里面的监视器，然后用电弧刀开锁进去，移动箱子跳上去从架子上拿到生物药剂，读取数据卡完成咖啡店老板所委托的调查任务。上楼梯到看望室与里面的Dumier谈话得到黑门实验室的密码，然后离开警局往咖啡馆覆命拿报酬。
由咖啡馆旁边胡同的水道前往黑门废墟，由梯子爬上去可看到一些巡逻的警卫，杀掉他们再利用障碍避开那只巨大机器人的炮火，往废墟建筑的左侧小巷找到一名帮手，然后一起由左侧的门进去，上楼梯沿着走廊前行找到一道石门，进去乘电梯到达实验室的走廊，往左边的门进去用电脑解除掉枪塔，或者控制枪塔干掉走廊上的守卫，由房间的风道爬到走廊的另一端找到一间办公室，在里面的柜子里有三个生物药剂，由桌上的数据卡找到控制室和实验室的密码。
沿走廊找到三道黄色激光线，用电弧刀解除掉往前面的屋子找Nicolette谈话，不但打听到教皇的消息还确认了Saman叛变的事。这时由水道返回到特里尔的警局找Dumier谈话，得到教会领地的地图，到咖啡馆找飞行员前往教会领地。
来到教会的领地与NPC谈话，得知有密道潜往领地内部。沿胡同前行找到一名叫Billy的小孩，可花钱买到一份武士分布的地图。到小巷尽头跳到垃圾箱上，往左边的平台跃上去，往前发现下面的庭院有守卫和机器人，将他们解决掉跳落庭院找水道下去。
由地下通道杀过去，往右边有激光防护，解除掉往前杀掉警卫找升降梯上去，离开房间杀掉沿途的警卫，往前炸毁火箭炮塔，接下来寻找Saman的电脑终端搜寻黑门实验室里的传送装置的数据模块。由大厅往前走有黄色的激光防护，由右侧的门上楼梯到阳台，从箱子上拿到办公室的密码，返回大厅进办公室从桌上的数据卡得到电脑的开机密码，然后使用电脑下载数据模块。完成后返回到降落点与Klara Sparks交谈，乘坐飞机返回到特里尔。
回到城区到旅馆找Tracer Tong询问有关JC Denton的信息，然后由地下水道前往黑门废墟实验室，在途中会发现SSC警察正与教会的武士对战，在实验室里收到Dumier的提示，得知要恢复传送站的功能，要找到并启动备用的发电机组。这时前往控制室将找到的数据模块安装到控制电脑里，再沿走廊找到前往维护室的梯子，爬进去将坏掉的发电机切断电源并启动另一台备用的，然后跑到控制室操作控制电脑启动传送站，从窗户可看到外面显现的奇观，退回走廊进入传送站前往JC Denton在南极州的基地。
