罗瓦诺
根据兄弟会提供的资讯，英克雷军成立这个基地的时间还不久，所以你可以用新兵的身分混进去。
这里是一个飞鸟直升机的保养和补给站，三番市的兄弟会和席德教所要的飞鸟设计图，与启航所需的FOB都在这里。在地下的军火库里有一件超级装甲。在楼下的基因实验室中可以招到一只厉害的生化狗K-9为队员，还可以放走一只会说话的死亡爪。这只死亡爪是和队员革力士一样的实验生物，放走他并杀掉基因工程师，可以解救革力士一族免于被屠族的危险。那瓦罗的军事基地有三个出入口：一个在屋子内的木板下、一个在左前方的岩石堆里、一个要通过后方森林间的小路。
在屋子边的克里斯会骗你这里只是一个服务站，根据兄弟会的资讯，你要以新兵的身分混过去：听过英克雷军吗?我想要加入……就可以骗到密码“混帐东西”。为了腾出空间来放在里面搜索到的东西，进入时可以尽量空手(最多只要杀一个科学家、暗杀一个工程师)。通过后主森林间的小路(留心地上的浮石陷阱)，进入基地，有个穿高科技超级装甲的守卫会向你提问，回答他你是新兵，并报上克里斯给你的密码就行了。守卫叫你到进门后右边第一个屋子里找长官报到。
进入栅栏后右边第一间屋子里，左边有些电脑工程师，右边房间内那就是士官长，他会质问你为何不穿制服，装甲那边去了?骗他说有人叫你来这边领，他骂了之后就会叫你赶快去拿一套再来向他报到：接下来你赶快找个电梯下楼，到楼下左上方的柜子里拿一件高科技超级装甲，再到处晃，否则每个人看到你都是劈头就骂。之后千万不要真的再找士官长报到，不然你就会被派去守仓库(如果你去报到的话会很有趣的，当你离开岗位四处溜达，被他巡查发现，会再你抓回岗位的，你就只好趁他不注意时才有逃脱机会，继续你的使命)。
到左下方的厨房中，可以找一个厨子聊天，并问到不少事 情，包括：英克雷军基地、 FOB在指挥官房里、技师与维修工程师不合、主电脑最近爱上了一个士兵的信息(其实是主电脑室的技师，以他的女朋友“小可爱”名字为密码，知道后也可以侵入主电脑)。
第一个目的地，是地下左上方那几个柜子，可以找到超级装甲和一些其他的武器装备。接着到下方左边的医学实验室，找科学家舒罗伯谈话以了解他实验的内容。谈话的最后，问他这个房间为什么要隔音和门口为何摆个狗雕像，就会知道那是一只生化狗K-9，因为智慧程度足以判定舒罗伯做的是坏事，所以咬他，因而被拆下动力系统。舒罗伯也会告诉你：生化狗的动力系统被送到维修室的罗鸟那里。最后可以问出最下方房间内的死亡爪是刚做完智能方面的实验，因为智能高到足以威胁人类，所以最近就要被杀了。和舒罗伯对话的最后出现一个好玩的选项：你确定这里完全隔音吗?然后是：既然隔音，所以把你杀掉也没人会发现罗?哈哈，下手吧!他注定要死的。舒罗伯后方有只生化狗K-9，接着对他说你是它的新主人，它会请你去找回它的动力系统(电动机)，修好后就会跟着你走。接着顺路到右边的主电脑室，和左边的技师谈话，问出主电脑的密码是他女朋友的名字“小可爱”(就是站在门外的警卫)，或者直接侵入主电脑 (科学技能要够)，可以问出：K-9动力系统所在、英克雷军基地所在及运输工具以及指挥官所在(找通行证FOB)。顺路到右上方，在穿上超级装甲后，骗过告诉指挥官房前的警卫，然后从指挥官房间内只有左边那个上锁的铁柜找到 FOB。找个电梯上地面，到地面左上方的直升机维修厂找罗鸟，告诉他：博士要你来拿K-9的零件，结果在最左边的铁柜中找到K-9的动力系统、最右边的工作台上找到一个电动机(可以拿到山岭军事基地级装机器人用)和一组高级开锁工具。接着向右上方走，在维修室找到昆西，告诉他你是罗鸟派来找直升机设计图的，他大骂一顿之后就可以骗到手。在右边的工作台里，还能找到一个电子开锁器二代和一件战斗护甲(动手术用)。
如果骗不到昆西的东西，也很容易暗杀成功。因为他紧贴着工作台，只要把炸药定时后放入工作台，再跑到地下去休息个几分钟，然后就可以回来拿东西了。
最后回到楼下K-9的房间，帮他装上电动机，并让他加入队伍好带他离开。顺便拿走房间入口的书桌中的蓝色通行卡，进入死亡爪的房间，并骗门口的警卫说：博士要你来杀死亡爪的。接着告诉死亡爪：你是来带他离开的。最后拿着蓝卡打开房门，帮助死亡爪从后门逃出去。
接着应该回三番市继续想办法出航了。
英克雷军的海中基地
这里就是游戏中的终极基地，里面的穿着超级装甲的士兵比对岸的罗瓦诺要多的多，硬闯似乎不太可能。幸好你也有相同的“制服”，所以可以在里面畅行无阻。来到此地之前，最好把没有能量装甲的队员留在船上。
这里可以做的事情不多，会和你对话的人比克拉马斯还少。这里所要做的事：找到族人被关的地方，听从长老的指示，并约好逃出的方法;从美国总统那里了解许多事情的始末;毁灭基地后逃离。这三件事中，真正必须做的只有第三件，其他只是帮你了解剧情。只要你设法让基地中的核子反应炉爆炸就可以成功。有两个方法：(1)炸毁控制反应炉的电脑，让反应炉失控;(2)强迫管理反应炉的负责人急速关闭反应炉，导致炉心熔解。前者还可以说服一个生化科学家在中央空调中放毒，让没有穿着能量装甲的人员死光。不管那一种方法，你接近离开基地的大门时，都要通过一个大家伙在把关。
这里还有很多高级装备，有些是游戏中独一无二的。为了最后的大家伙， 游戏在这里提供了各型武器中杀伤力最强的款式，让人看得眼花撩乱。
第一层可以搜刮一些小东西，重点应该是右上的仓库内的能量装甲，另外那几个炸药在暗杀总统或炸毁电脑的时候可能有点用。有一个门目前无法打开，在逃离基地时才会开启。
第二层入口下方的库房中有两种重机枪和弹药。这里正在进行人体实验，各个手术台上血迹斑斑。你的族人和13号避难所的居民都被关在这里，到右下方的牢房中找长老。她会跟你说事情的经 过，并叫你去底下摧毁一个“恶魔”机器，并且和她约定事成之后，自动带着剩下的族人到油轮上与你会合。
第三层进去就是一个九宫格形状的电击地板区。每格有一个终端机，必须按一下终端机才会打开或关闭这些门。这个基地中最有价值的装备，就在这里的左右两侧的营房中。通过之后就到了总统所在的第四层。
第四层右下角有个战略研究室，右上角的房间是会议室，会议室内 则有一张闪着红点的世界状况地图。总统办公室前有个副总统。美国总统会帮玩家解释很多事件的来龙去脉，但是你一开始对话就要听到完为止，否则他会很不高兴。要了解剧情的始末，就要与总统好好交谈一番。总统身上有一把总统专用钥匙，要杀掉他才能拿到。这把钥匙可以用来开启主电脑中的最高权限，等一下逃出时会派得上用场。暗杀总统只要潜行能力不差，贴着身体一枪就解决了，而且不会引起守卫的注意。左上方有个核子弹，后面那个科学家会开口和你交谈。从他口中可以问出英克雷军的计划，但他是一个有良知的科学家，如果口才够好的话，可以请他思考这些适应荒地生活的人类，是否算得上是另一个人种。他想了一下之后恍然大悟，决定把自己和整个英克雷军基地一起埋葬，也就是在中央空调中放入FEV病毒的毒素。他也会告诉你去底层关闭反应炉，以解除关住你族人的力场。但是毒素放出来之后警报就响了，底层的科学家也不会和你对话;同样的，底层的反应炉溶解前警报也会响起，你就无法再和任何人交谈，只能用炸药毁掉强行解决。这个方法的难度较高，而不如逼原子能源委员会主席汤姆莫雷自己关闭反应炉。
第五层左上有个营房，右上是反应炉的控制电脑， 右下是反应炉，左下方就是原子能源委员会主席汤姆莫雷。最好用潜行技能接近他，因为他附近站有一个英克雷军的守卫，他会严密注视你的动向，发现你有不轨行为就会进入战斗状态。问汤姆莫雷有关反应炉的事情，他会很得意的说：如果反应炉关闭了，那么一切警卫系统、安全门都会关闭(关住族人的力场也会全部跟着消失)。接着，不管他怎么哀号，拿枪威胁他关闭。结果炉心因为过热而融化了，还有10分钟就会爆炸，在讯息窗里开始了倒计时。威胁他不得声张之后，赶快回油轮吧。(也可以直接拿炸药摧毁控制反应炉那台电脑，或在三台终端机之前各放一个定时炸弹，结果也是导致炉心熔解。不过因为终端机前有几个技师，很容易引发战斗，所以要特别小心。)
现在因为基地进入了非常状态，所以那些原来不能开启的门打开了，有个梯子可以绕过电击地板区。到达油轮前，有个大家伙(联邦密探)已经在那边严阵以待了。在13号避难所看他一拳击毙死亡爪的英姿，就知道自己不是他的对手，这下死定了。这个家伙的生命值为999，护甲和武器都是从来没见过的高级装备(很可惜最后会把他打得粉碎，这些东西一点都捞不到)，再加上旁边的雷射炮台会一起攻击你，打赢的机会微乎其微。在遇到大家伙之前，有支巡逻小队。你可以警告队长炉心即将熔解，建议他们随你搭船离开，就可以得到一批战友，这四个战友都拿很相当高级的武器。另一个辅助过关的方法，是尽量靠着左边沿墙潜行到出口大厅那台终端机，拿着总统专用钥匙启动叛乱模式，让门口的雷射炮台帮你收拾。两者并用的效果极好，你几乎可以不用出手，不过要注意应该先说服巡逻小队，再去使用终端机，因为进入战斗状态就无法与队长交谈。
战斗结束后，你终于打开了基地的大门，一脚跨了出去。接下来就是破关的画面：油轮急急的离开，基地被炸得粉碎，海上升起了一团蘑菇云……最后，游戏会把你在各处完成的任务在未来造成的影响进行总结。
