13号避难所
从15号避难所或新加州共和国等地找到13号避难所的位置，你终于感到胜利在望，希望立即奔赴13号避难所取得GECK，完成长老交待的任务。
13号避难所的摆设与辐射一代的一模一样，真是令人怀念。连进入避难所的方法也是操纵门口的终端机。只是原来的13号避难所居民已被英克雷军掳去进行人体实验，而从英克雷军逃出来的实验用的死亡爪来到了此地。这些死亡爪是被注射FEV病毒的变种，拥有高智商(差不多人类8岁左右的智能)、和平、而且能与人类交谈(到罗瓦诺之后就会知道原因)。过着团体生活、道德标准极高。这群死亡爪都服从他们的首领甘德的命令，他们不愿与人类发生冲突，但是他们也知道他们的行踪一旦暴露，势必会引来灭族的灾难，所以避难所之内软禁着不少人类，其中不乏接受他们帮助、心存感激而不愿离去的人们。
找到GECK后，就会启发英克雷军到你的部落掳走族人的事件，村里的巫师用心灵感应的方式招你回去。要完成此地的任务，需要一个电脑语音系统，在地下掩体市第二层和新里诺西区的武器商那里都有。完成这里的任务后，还可以顺手拿到一个导航晶片，这是日后要启动三番市的那艘油轮的必需品。
在第一层和门口的死亡爪的首脑甘德谈话，他会告诉你因为第三层的主电脑出问题了，无法供应水与食物，所以他们才去新加州共和国偷牛。他也知道这个避难所内有你朝思暮想的GECK，只要你能帮他们解决问题，就可以获得他们的信任。13号避难所中有很多会说话的死亡爪和人类，由他们的谈话中，可以更清楚的知道这些死亡爪的和平作为。医护室中的医生就说他曾经故意跑到其他城市住了一个星期才回来，结果没人跟踪他，而且回来还受到热情的欢迎，让他很感动。
这里只有第二层左上方被关住的那个人有“大人类主义”思想，曾经试图杀害母兽， 但甘德还是留他活口。你看过主电脑的情况之后再来找他聊天，会发现电脑语音输入系统是被他弄坏的，实在是个很危险的人物。如果你接受他的任务帮助他逃跑，就会引发这里的战斗。
第三层左边图书馆内有个全身包的紧紧的学者革力士。他说自己正在研究死亡爪文化与人类文化的差异，对外来的你非常感兴趣。他说自己才从海岸那边过来几个月而已，也会向你说起这些死亡爪的起源是来自英克雷军的实验。根据他的说法，英克雷军抓这些13号避难所的原住民的时候，就是派遣甘德这些死亡爪，所以甘德到现在都还良心不安。你可以说服他加入队伍，带者他战斗时才会发现：他是一只死亡爪! 而且在战斗前才会把袍子用很帅的姿势掀开，像个拳击选手一样。第三层中间的补给室里有一些东西可以拿：净水晶片、战斗护甲(多的可拿去动手术)，其中的导航晶片是最后前往海上总部的必需品;GECK是玩家的最重要目标，拿到之后游戏即将进入下半部。补给室右边是母兽的孵卵室，由一只死亡爪所看守，你可以说服他让你进去。里头的母兽说现在轮到她孵蛋，以后其他的母兽也会进来生蛋。她这些蛋的父亲刚好就是首领甘德，她们与人类和平相处，但是有个人类潜入这里，试图炸死她和这些蛋，但被她发现，她立刻把炸药丢到门口(门被炸了一个洞)，保住了母子的性命。甘德还是不愿破戒杀死人类，於是把他关在第二层，孵卵室也多了一个警卫。 母兽也说到这个孵化室是一个人类朋友帮的忙，这个人类朋友还从东北的某处拿了零件来装被破坏的门。主电脑室前有个工程师吉米，会提供一些讯息。包括：13号避难所从前那个老大在一场革命中被杀、或被放逐;目前的主电脑是从钢铁兄弟会买来的等等。使用主电脑的终端机，才发现已经完全无法从键盘输入指令了。於是你打开里头的线路，发现是电脑语音系统出了问题，必须要更换。於是你把电脑语音系统装入主电脑后，成功的解决了13号避难所生存的大问题。
回去和甘德报告任务完成;如果你自己没动手拿GECK 的话，这时他也会主动给你。
拿到GECK后不久，就只有一个选择了：回阿罗由，因为部落里的巫师托梦叫你赶回去。接近阿罗由时，死亡爪队友革力士也会感应到他的族人发生危险而离队回13号避难所(此后，如果回到13号避难所之后会发现已经那里也已经成为一个空城了，重新找革力士加入之前，必须先到主电脑终端机看事情的发生经过：联邦密探一拳击毙死亡爪的首脑甘德，并把他的尸体带回去解剖，这就是游戏最后破关前要应付大家伙)。当你回到阿罗由时，发现阿罗由已经遭到重创，悬桥已经断了，无法进入村庄，在悬崖边还有一个人，那是巫师哈库林，留着最后一口气告诉你事情的经过。巫师会提示你往南方去寻找线索。
军事基地
此地就是辐射一代中，教主的病毒槽所在，在地图上的位置，和里头的摆设都和一代相同。现在，美国联邦政府似乎重新研究起这种FEV病毒，不过他们这次是要培养出一种功能相反的病毒，用来杀光被FEV感染过的变种人。在这个目的下，他们重新进入地下，和原来的超级变种人发生了战斗，并且在临走前将门口封死。这些被关住的超级变种人，应该是教主时代留下的残存士兵，生命力非常非常的强，即使被关在地下，还能靠着老鼠等东西维生。这里散布着不少身穿超级装甲的英克雷军士兵残骸，似乎在警告你：即使穿着最高级的护甲，到这里都免不了要死一些人。
来此地的主要目的是找到三番市的位置。不过，这里的装备实在让人惊讶：超级装甲、电浆来福枪、能量手套、重型机枪。同时，里面的敌人等级，也和这些装备一样高级。
右边第一个帐篷内有个铁箱，里面有张地图，看过之后就知道三番市的位置了，箱子里还有一张磁片，记载着当初在此曾经进行过人体实验，在撤退时把入口封死了。这里的周围有一群野狗，在你靠近时会围过来攻击。入口已经被封死了，你注意到入口的那部采矿车，车附近的地上有一支铁棍，可以插在台车上，之后讯息栏会提醒你：再加上一个炸药的话，入口就打开了，在入口左边的小屋子里，刚好就有炸药。
进入第一层就看到几个穿着超级装甲的尸体：这里不知发生过什么惨烈的战斗，沿路收集磁片也许可以猜出一些端倪。这一层要提防被有毒的老鼠咬到就行了，直行的走廊绕道右边尽头，竟然有个变种人。他对着老鼠叫着：鼠儿们过来吧，我肚子饿了。去和饿昏头的他说话，他却把你看成一只大老鼠，直嚷着晚餐有着落了。看来变种人的生命力真的很强。你只好开枪把他干掉了。左边的通到尽头有个电梯可以下楼，途中有个发电机，修好之后让电梯重新启动。
第二层楼是当初变种人的休息室，现在还有不少士兵，身上的配备则和一代相同：电浆来福枪、能量手套、重型机枪、火焰枪等优良武器。
第三层，向前直走，尽头有一大滩绿色的辐射黏液，中间一小片空地上站着一个变种人长官。他会招唤死亡爪、外星人、教主的宠物等可怕生物。最好先杀掉变种人，免得他不断放出怪物。
接下来已经接近尾声了，到三番市寻找族人的下落吧。
三番市
一到三番市就眼睛一亮：一个中国式的牌坊!没错，是中国城。目前的三番市有四个主要区域：中国城、哈伯教、席德镇和船坞，其中船坞上停泊着一艘旧油轮。这个地方的派系林立，最大的两个是教派和席德教，其他还有一个兄弟会分部，两个武术门派，医院和商店。
席德教和哈伯教的科技水准都很高，前者有一套燃料的配送管线，后者有能力强化你的能量装甲。这里的方医生是破碎丘的医生的老师，有能力帮你进行装甲移植的手术，商店里的货色很齐全，是个不可多得的好地方。
此地最重要的任务，就是启动那艘油轮，前往最终的目的地——英克雷军的海上基地。启动油轮的关键物品有三个：FOB(在那瓦罗的军事基地里找到)，燃料，导航晶片(在13号避难所时就顺手拿到)。取得燃料的方法有几种：(1)请油轮上的电脑工程师帮你入侵某教派的电脑，但你要先救出他的女朋友;(2)拿飞鸟设计图给席德教的皇帝顾问李健，换取得他的密码;(3)拿强化后的超级装甲给席德教的化学工程师金太广，请他在席德教的电脑上动手脚;(4)帮哈伯教的电脑工程师传情达意，请他帮你侵入席德教的电脑。
1. 为兄弟会偷直升机设计图。市区的左下角也有一个奇怪组织的房子，不过这里的人愿意和你说话。那人向你说他们是钢铁兄弟会，近几个月来，发现了一个拥有高超科技的组织：英克雷军与毒品、武器、奴隶等不法勾当有牵连。于是兄弟会在丹恩城、新加州共和国和此地都设立了分部，来监视英克雷军的行动。他观察到英克雷军拥有制造直升机的技术，并且最近才在北边设立了一个叫做那瓦罗的军事基地，用以维修和补给飞鸟直升机燃料。他要你潜入罗瓦诺去盗取飞鸟设计图。会飞行的机器和“那瓦罗”这个名字刚好符合部落巫师临死前告诉你的线索，于是接下了这个任务。临走前，他还告诉你：那瓦罗最近不断的补充新兵源，如果你将队员留在此地，以新兵的身分会比较容易混进去。如果遗落这个讯息，也可以把蜥蜴城核电厂内所找到的蓝色通行卡带在身上，由那瓦罗军事基地的后门潜入。详细过程请参考“那瓦罗”篇。拿到设计图后，就可以进入钢铁兄弟会地下室，可以在左下角的两个铁柜中找到非常好的装备。左上方的医疗电脑可以增强你的几种属性。
2.帮龙向罗番挑战。龙给你的测试颇为严格：连赢6场。成功后再去挑战罗番就简单多了，他在将被打败前会掏枪袭击你，然后你就可以光明正大的将他击毙。
3.去油轮仓底救出电脑工程师派特爵的女友。顺着线索来到三番市之后，很多资讯都显示你的族人可能被直升机载到海中的某个称为英克雷军的基地，而这些资讯也显示到那个基地只有搭船一途。但是你来到这艘波赛顿油轮之后，却找不到进一步的线索，有人告诉你船长知道如何开船，但是船长根本不和你对话，只会在头上不断的冒出同样讯息：除非你对我的同胞有帮助。要取得船长的好感有两个方法：救出派特爵的女友，和帮基特找回被切掉的脾脏。仓底的一大堆超级变种生物非常强大，可不容易对付。在消灭这些怪物后，在油轮的仓底的右上方发现一位美女，见了面就大喊救命，然后紧跟着你。没想到这位美女苏是电脑工程师派特爵的女友，她会告诉你仓底有个奇怪的房间，可能是燃料室。你回到驾驶室再去找船长了，没想到拯救苏的事情已经传到船长那里了，他很详细的告诉你：你要找的族人应该被直升机运往一个海上基地，你可以搭这艘油轮过去，但启动油轮要有三个条件：燃料(此时去楼下找电脑工程师派特爵谈起燃料的事，他就会帮你入侵席德教的主电脑)、FOB(在那瓦罗的军事基地里可以找到)、导航电脑(用在13号避难所里找到的导航晶片装入船上的导航电脑)。船长会叮嘱你：你可以在那些古老的避难所中，找到若干零件。你也可以回到中国城去问朱流，也可获得有关讯息。
4. 找回基特的脾脏。油轮的电脑机房外面站着一个人不断的喊痛，过去一问，这个叫做基特的人，竟然再喝醉酒的时候拿脾脏拿打赌，而且赌输了之后真的被切下来了。看看也怪可怜的，於是答应帮他找回他的脾脏。基特说跟他打赌的人，是中国城门口左边那个商人朱流，于是返回中国城，才发现已经把他的脾脏卖给席德教的王医生了。在席德镇里找到王医生，向他问起脾脏的事，他竟然说最近正打算配点蚕豆和葡萄酒把它吃掉。可是当你向他说起那是人的脾脏时，他的脸就变了……然后应该回去叫基特过来拿他的脾脏了。回油轮之前，记得先去中国城的方医生那里咨询一下，不然基特会叫你再跑一趟的。再回油轮告诉基特，又等了一天，他手术成功的事终于在油轮上传开。这个任务的目的是取得船长的好感，以协助你出航。
哈伯教这个教派有点邪门，竟然不远千里到新里诺找一些色情明星来宣传教义。不过这些做法让他们累积了大量的财富，并且研发出不少高科技，并可帮你的强化能量装甲。在新加州共和国的时候，你会有机会加入教派而成为该教的ASH-1，并帮那个神父送一封信给该教的首脑ASH-9，这个ASH-9是席德教给你的一个任务的暗杀对象。有能力帮你强化能量装甲的主电脑旁的克拉克特，每件$10000!而且材料只够做两件。一进入这个区域竟然看到一艘太空船!原来教派的科技水准已经有办法把人送上太空了，只是让人感到奇怪的是为什么不做飞机呢?告诉门口的守卫说你想加入教派，就不会惹上麻烦。他身后有个来自加拿大的电脑工程师，和他的对话要小心。原来他在加拿大看了一部影片，迷恋女主角薇琪，就一路追到这里来了。这个女明星的正在地下的教派中传教，你可以充当他的使者，帮他表达爱意，他就愿意帮你侵入席德教的主电脑，取得出航所需的燃料。(如果你把教派的人全部铲平，可以完成席德教的最后一件任务，拿回强化能量装甲的$20,000，还可以让你在三番市的声望提升为偶像。)
席德教看来是一群科学家的组合，有一台超级主电脑(皇帝)，和各种实验室。他们的科技水准不输教派，包括由一种植物中萃取出燃料，并且建立了一个燃料的配送网路。你出航所需的燃料只有他们有，但因为配送网路是由电脑控制的，所以有办法侵入电脑者，都可以帮你弄到燃料。门口附近的王医生：就是买下油轮上基特的脾脏那位倒楣鬼，除了提供没有用的讯息之外，只有找脾脏那个事件需要用到他。王座附近的顾问：他是皇帝的参谋，掌握有主电脑的密码。他会要你去罗瓦诺偷飞鸟设计图，事成之后，他又要你去杀掉教派的老大ASH-9，最后会告诉你皇帝的密码。右下方的化学工程师，他有办法直接给你燃料，但代价是一件强化后的能量装甲。这个代价很高，因为到目前为止，最多只拿得到两件能量装甲。主电脑(皇帝)：席德教的主电脑室从李健后面的上角进入，门口还有一道难解的黄色力场，你可以用顾问给你的密码进入，或直接用你的科学技能侵入。从其中可以获得不少席德教的研究状况。在破关画面上，帮助席德教的结果，是他们日后建立了一个繁荣的帝国，不知是好还是坏。
取得油轮船长的好感之后，再找到三项必需品，就可以准备启航前往最后基地英克雷军了。在英克雷军中穿着超级装甲可以畅行无阻，所以有队员同行反而碍事，最好在最后一趟上油轮时，就让他们离队，免得碍手碍脚的。到油轮的仓底，用FOB打开门锁;进入房间后，回到楼上，安装导航晶片;到二楼船长室开航。
然后是一段出航的动画，最后在满空的星夜中，来到了到达英克雷军基地。
