BOSS级敌人
BOSS级敌人是整个游戏中的难点敌人，这些敌人很多都有着恐怖的攻击力、超高的血量等难度特性，而我方自然需要用的更强力的武器和更多的精力去对付。
クイーン
女王级巨大蚂蚁，个头如摩天大楼般，攻击则是喷射山洪爆发般的酸液洪流……
对策：远距离消灭，近距离游斗、缠斗消灭(非常危险，建议强力武器短时间内迅速消灭)。高难度时要格外注意。
女王変異種(仮)
女王级巨大蚂蚁的变种，全身呈金黄色，各项方面更是全面提升……
对策：远距离消灭，近距离游斗、缠斗消灭(非常危险，建议强力武器短时间内迅速消灭)。高难度时要格外注意。
超巨大蜘蛛型生物
摩天大楼般巨大的蜘蛛!攻击为巨型的蛛丝如洪流般汹涌喷出……
对策：远距离消灭，近距离游斗、缠斗消灭(非常危险，建议强力武器短时间内迅速消灭)。高难度时要格外注意。
デスクイーン
绰号“女王蜂”……其巨大恐怖的针刺攻击可以迅速让我方人员击倒在地……
对策：远距离消灭，近距离(女兵或支援飞行载具)游斗、缠斗消灭(非常危险，建议强力武器短时间内迅速消灭)。高难度时要格外注意。
デモン・クイーン
“女王蜂”的强化版……各方面均有很大的提升……
对策：远距离消灭，近距离(女兵或支援飞行载具)游斗、缠斗消灭(非常危险，建议强力武器短时间内迅速消灭)。高难度时要格外注意。
グレーター・ワイルド・ドラゴン
绰号“神龙”的超巨大飞龙。血量和攻击力都很高，其攻击方式为空中喷火与地面着陆后喷火。
对策：远距离消灭，近距离(女兵或支援飞行载具，以及其落地后)游斗、缠斗消灭(非常危险，建议强力武器短时间内迅速消灭)。高难度时要格外注意。
エルギヌス
地球防卫军4.1新增的敌人之一。这种巨型两足怪兽血量和攻击力自然都很高，攻击方式：前行践踏攻击，光线喷射攻击、前方跳跃拍地攻击。无论哪种攻击都会对我方造成巨额的伤害……
对策：远距离消灭，近距离游斗、缠斗消灭(非常危险，形势迫不得已时建议近距离作战的地面兵种保持在此敌的“胯部”下较为安全，女兵则可以盘旋在此敌头上的半空游斗，但要注意能量槽的使用)。高难度时要格外注意。
エルギヌス（赤）
エルギヌス的强化版本，体积更巨大，其他方面也更有了提升……
对策：远距离消灭，近距离游斗、缠斗消灭(非常危险，形势迫不得已时建议近距离作战的地面行进兵种保持在此敌的“胯部”下较为安全，女兵则可以盘旋在此敌头上的半空游斗，但要注意能量槽的使用，顺便说一句，我个人还从未(胆敢……)在此敌人近距离作战过……)。高难度时要格外注意。
地下トンネルの出口
巢穴类敌人设施。通常出现在地面、高楼大厦上以及洞穴的墙壁上。本身没有攻击力，但其出现后，会每间隔一段时间放出不同种类的复数个体类敌人。如果置之不理的话，不断涌出的敌人群会使得战场形势变得越发严峻……所以也是战场上需要优先打击的一个重点。
对策：远距离消灭，近距离使用高威力武器消灭，要注意巢穴出敌时对自身的保护与对敌人的消灭，高难度时要格外注意。
当我方手持高等级武器(通常建议射速与上弹速度都很快的武器)，遇到低等级关卡的巢穴时，可以在巢穴不出敌人的情况下，站在巢穴里，枪口垂直到天空一直开枪，一旦巢穴里出现敌人，就会迅速被强大的攻击打击到上空，而掉落的道具则被我方直接吃掉，如此反复，即可用来刷血量上限与武器收集……
巨大地下トンネルの出口（仮称）（DLC第二部出现）
巢穴类敌人设施的巨大化，只在DLC第二部里出现，专出那些超巨大的BOSS级敌人……
对策：远距离消灭，近距离使用高威力武器消灭，要注意巢穴出敌时对自身的保护与对敌人的消灭，高难度时要格外注意。
飛行型巨大生物の巣
一般为放出马蜂类敌人的超巨大巢穴。本身没有攻击力，受到攻击时，会一定时间内放出群体马蜂类敌人“护家”。
对策：远距离消灭，近距离使用高威力武器消灭(不推荐)，要注意巢穴出敌时对自身的保护与对敌人的消灭，高难度时要格外注意。
输送船
行动方式为空中飞行或空中滞留不动的大型飞船，一般每隔一段时间就打开下方的舱门，投放各种个体类敌人，也只有此时攻击其漏出的核心才能对其造成伤害。
对策：远距离消灭，近距离(女兵或支援空中载具)使用高威力武器消灭，因为高度的距离原因需要远距离武器。要注意输送船出敌时对自身的保护与对敌人的消灭，高难度时要格外注意。
与地下トンネルの出口一样，高等级武器在低难度关卡里，在空中滞留的输送船下方待敌，敌人一旦放出来就直接在空中或落地时予以消灭，然后回收道具，同样可以进行刷血量上限和武器收集。(个人感觉实用程度不如地下トンネルの出口来得方便)
大型輸送船
新型的大型号输送船，同样没有攻击力。
对策：远距离消灭，近距离使用高威力武器消灭，要注意输送船出敌时对自身的保护与对敌人的消灭，因为高度的距离原因需要远距离武器。高难度时要格外注意。同样也可以同样可以进行刷血量上限和武器收集。
四足歩行要塞
超巨大的四足步行要塞。行进过程中的四足的每次落脚都有伤害判定，并且每隔一段时间就会打开核心，放出复数的个体类敌人出来。同样也只有此时能攻击到其核心造成伤害。除此外，步行要塞身上还有防护罩与光线类机枪来保护自己，所以近距离作战时要格外留意。
对策：远距离消灭，近距离使用高威力武器游斗，要注意出敌时对自身的保护与对敌人的消灭，还有四足移动时的落脚伤害和其本体的防护武器伤害。高难度时要格外注意。
巨大戦艦アルゴ
绰号“巨神船”的超巨大敌人。血量很高，一般为两种状态，第一种为飞船样式，炮类攻击并盘旋于空中，当受到一定伤害后即变形为超巨型机器人模样落地，使用各种大威力武器攻击我方。第二种则是关卡开始后直接以超巨型机器人模样落地或浮空攻击我方。
对策：远距离消灭，不建议近距离作战，要注意对敌人远程攻击的躲避和防护，高难度时要格外注意。
マザーシップ
剧情类的最终BOSS之一，这个BOSS通常在剧情模式里出现，在正篇36关以前出现时是无法打击消灭的，在第36关时的过关任务条件即为击毁此敌人。这个敌人的攻击方式是巨型圆球船体下方伸出巨型光线放射器大范围攻击地面，威力可怖。消灭此放射器后便漏出其核心，继续打击到其被消灭为止。
对策：远距离消灭，建议远离核心区域，防止巨型光线放射器对我方致命的范围攻击。因为高度的距离原因需要远距离武器，不建议近距离作战，高难度时要格外注意。
アースイーター
各种空中浮游的敌方建筑，大多配备了各种对地的激光与爆炸武器，还有可放出复数个体类敌人的平台(需要在其平台罩子开启后才可伤害其核心)，也有一些暴露的半圆红色核心，击毁这些核心可以摧毁其周围一定数量的浮游平台。
对策：远距离消灭，因为高度的距离原因需要远距离武器，不建议近距离作战，高难度时要格外注意。
ブレイン
本游戏最终BOSS,攻击其核心到其被消灭即可。
对策：远距离消灭，因为高度的距离原因需要远距离武器，不建议近距离作战，高难度时要格外注意。
