在刺杀完4个大BOSS之后，ICA的情报部发现最近的这4次委托都来自同一个客户，这明显是一个阴谋。
然而这个客户很有实力，他向ICA董事会施压，要求47再为他完成最后一项任务。这其实是诱杀47的陷阱。
47回到了起初的精神病院，又遇到了受困的史密斯(怎么又是他!)
原来这一切都是47的创造者——Ort Meyer的阴谋，他和那4个BOSS都曾是法国外籍军团的士兵，当年结下生死之交，退役后仍在保持合作，47的基因就来源于他们5个。
而其他4个人貌似并不看好克隆人计划(早期很多试验品都失败了)，Ort Meyer也不想和他们分享成果，于是以ICA客户的身份暗中指使47杀了他们。
Ort Meyer自豪地以47的父亲自居，他引47入瓮之后，放出量产的48号试验品，企图消灭不服从命令的47。
当然47大叔是无敌的，最终47亲手干掉了Ort Meyer，自己名义上的“父亲”。《杀手：代号47》完。
