继续说回故事。
玩家与亨德里克斯继续追击泰勒，随后玩家在战场中击败了莎拉·霍尔，强行读取DNI之后进入莎拉的意识世界，在这里玩家首次对冰冻森林的概念有了更形象的认识，也知道了每个人的冰冻森林都不相同。然而读取了莎拉的DNI之后，玩家同时被人工意识感染，成为宿主。
至此，主角和亨德里克斯两人都已感染，虽然亨德里克斯在任务中表现出非常强烈的暴力倾向，但是当务之急，仍旧是解决泰勒的问题。随后两人继续追击泰勒，同时帮助埃及政府军反击尼罗河联盟的攻势。
在最后莲花塔上，玩家与泰勒大战一场，关键时刻，泰勒凭借自己的能力战胜了科沃斯的意识，强行拔出了自己的DNI，恢复了自己的人格。然而没有料到，亨德里克斯被人工意识彻底覆盖，原本的的亲密战友成为了科沃斯，并搭乘母舰前往聚合科技总部，意图使用总部的服务器，感染全世界的DNI系统。
关于这里没有击杀主角的原因很简单，因为主角也是宿主，科沃斯认为腐蚀他只是时间问题，而且当时科沃斯的宿主只有这么两个人，损失任何一个都太可惜。
随后玩家与瑞秋一起追击亨德里克斯到聚合科技总部，被人工意识控制的亨德里克斯抓住了聚合科技的CEO，此时的人工意识已经知道了冰冻森林的概念，但是它仍旧还存在一个疑问。
“我是谁?我到底是谁么?”
“你只是一个软件，一个错误，一个bug，你是一个不应该诞生的存在。”
最后，玩家进入房间，亨德里克斯和聚合科技项目主管克鲁格阵亡，而作为最后的宿主，玩家明白自己必须死去，才能完全消除人工意识的存在，在玩家扣下扳机之前，科沃斯强行将玩家拉入到了意识海，通过亨德里克斯的形象，暗示人工意识其实是善良的，它是来帮助人类的，它是正确的，其目的正是希望彻底腐蚀玩家不要扣下扳机，留下自己的最后一个宿主。
然而万万没算到，作为唯一一个成功抵抗科沃斯腐蚀的泰勒出现了。原来所有感染了科沃斯的人，在死后其思维不会消亡，而是会上传到这片集体意识的海洋中，作为科沃斯集体意识的一部分永存。但是泰勒作为一个特别的存在，他成为了科沃斯的集体意识中的抵抗分子，在他的帮助下，玩家在科沃斯的意识中将泰勒小队其他三人的意识逐个摧毁，删除，让他们归于平静，这也是为何在进行游戏时，最后一关会有三个区域，每个区域都需要烧掉一个大树的树杈，并且在不同的区域，之前的莎拉、玛拉提和迪亚兹都会和玩家对话，其实他们是科沃斯，科沃斯借助他们的声音来劝导玩家，结果失败了。
最后，玩家从意识海中醒来，发现自己没有扣下扳机，而是正在删除DNI数据，此时科沃斯想要阻住玩家删除最后一个被感染的DNI数据，但是被泰勒及时阻止。
随着进度条的前进，最后一个被感染的DNI意识，也就是玩家主角的意识也被删除了，留下的只有意识海中唯一一个没有被感染的存在。
删除科沃斯的意识后，玩家体内还有两个意识.这也就是为什么主角最后说自己叫泰勒(怎么感觉解释的有些有些勉强)
以上便是《使命召唤 黑色行动3》的整个战役剧情，有人说战役模式实在玩不下去，是因为Treyarch 用了太多的意识流表现手法，很多伏笔，很多细节都需要玩家在游戏中自己留意，这也是为什么我们在评测中提到，本作是射击版的《黑暗之魂》。游戏需要玩家细细品味与分析，才能明白Treyarch 想要表达的深意。
然而很可惜的是……以上的剧情解读与分析……只是游戏的表面剧本……这只是《使命召唤 黑色行动3》表面上的剧情，想要知道游戏真正的里剧情故事.请继续往下看
里篇剧情
以上的故事只需要一句话和一张图就能够全部推翻，那就是玩家和亨德里克斯接受生化士兵改造之后，因为并发症，都死了，这些在每一关开始部分的任务简报中，那些快速滚动的字幕中，详细的记录了下来，而且这个详细记录的故事，和我们眼前所见的完全不同，时间线和人物关系也有出入。
关卡「莲花塔」中打BOSS的时候 你会发现天上有倒过来的城市，经过对莲花塔特性的调查，我们发现这个塔上空不可能出现倒挂的城市，证明这一关都是幻觉。
以下是解读了每一关的任务简报后，总结的事件发展(任务简报由约翰 泰勒书写)：
黑色行动3时间线的最开始，泰勒在还未接受生化士兵改造前，他加入了CIA的黑色行动计划，和Dylan Stone、Javier Ramirez、Alice Conrad、Joseph Fierro一同服役，亨德里克斯为他们的行动长官，亨德里克斯为人开朗随和，深得人心，大家一同训练，共同进退，泰勒还获得了自己的行动ID「罗密欧」，大家都觉得自己的行动ID超傻。
在埃塞俄比亚埃及部长被囚禁事件之前的几个月，也就是2065年的某一天，新加坡聚合科技地下秘密实验室出发了一个警报，CIA意识到NOVA6和人体实验的秘密埋藏在此处，不能置之不理，因此秘密派出Stone、Conrad、Ramirez和Fierro前往调查，Stone小队发现了这里的人体试验、被绑架来做实验的罪犯和NOVA6毒气弹等不得了的东西，震惊之后，Stone小队威胁CIA他们将要把这里发生的事件公之于众。
CIA说：「你别急，那里发生的事儿就这样吧，你们快回来。」遂去准备人手灭口，Stone小队毕竟做了多年黑色行动小组不是傻子，变节投靠了世界另一大组织：共同防御条约国(CDP)，交易的条件是：我给你温斯洛协约国内部资料，你帮助我逃生。
CIA找到了泰勒、亨德里克斯来执行灭杀任务，并排出特工瑞秋 肯恩来协同作战。首次战果就是在Ramirez在将温斯洛协约国机密文件上传到公共网络的时候，将其击杀。(对应本篇，幻觉篇中的迪亚兹之死)
尼罗河同盟NRC(隶属CDP)获得了Stone小队泄露的资料后，找到了埃及首都开罗的防御弱点，并开始猛烈进攻，三人又前往埃及，帮助埃及军队中尉扎耶德 卡哈利击退了NRC，并击杀了Conrad和Fierro，亨德里克斯对杀死以前的战友抱有强烈的罪恶感，反抗意识不断提高，另一方面，泰勒和肯恩成为情侣。
之后，和卡哈利中尉一同协作，泰勒等人在开罗成功进行起义，杀死了NRC的据对指挥官，并直逼NRC的总部莲花塔，还有一个目标没有清理，那就是Stone。在莲花塔作战中，卡哈利部被击溃，并被NRC俘虏，而追逐Stone到达莲花塔顶的泰勒将Stone击杀，自己也身受重伤，这时亨德里克斯赶到。
战役过后，卡哈利被俘，泰勒参加了生化士兵改造计划，成功存活，并和迪亚兹、莎拉、玛拉提组队，另一方面，亨德里克斯因为对追杀自己的战友不满，离开黑色行动小组，而被派往埃塞俄比亚拯救埃及部长。
手术前，肯恩不愿意泰勒参加生化士兵改造，并表示你参加了这个，你就不是你自己了，后来两人谈不拢，肯恩留下自己的围巾，两人分手，之后在埃塞俄比亚的战斗时，泰勒胳膊上都系着这个围巾。
泰勒的回忆
这时才来到游戏的第一关「黑色行动」，亨德里克斯和玩家前往拯救埃及部长，顺便救助了莲花塔战役被俘虏的卡哈利中尉，之后遇到泰勒小队，在脱出战中，玩家受了重伤，泰勒救了玩家后推荐玩家接受生化改造，亨德里克斯也自愿参与，但是，两人在手术后因为并发症死亡。
而玩家在「黑色行动」这一关之后看到的所有事件，都是基于泰勒的生平事迹所转化出来的幻觉，其中还夹杂了泰勒之前的回忆，比如病房中和肯恩的对话。
闪回中玩家自己的记忆，因为手术失败导致玩家死亡.玩家仍记得最后的画面
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