20话 あの忘れえ日々
说明：第二结束时，机动战舰扶子号会带着他的成员背叛，在左边出现。不过过关后，他们又会重新加入我方。第三回合结束时，敌人又会有援军出现，在右下角，女主角也会出现。敌人不是很好对付的，多用精神吧。
重点：第三回合结束后出现的敌人的援军实力很强大，尤其是靠后面的等级22的那个人(先用侦察看看)。先把水里的几个解决掉，然后把女主角干掉。最后那个就要利用援助攻击了，加上热血给他致命的一击。他的HP掉到1/4以下的时候就会逃跑，他的机体有HP恢复的特技。注意不要把回合数拖的太长，不然左边的部队也会攻上来，到时候就没有打的份了。(那个可是本作游戏的最终BOSS呀，要把他赶跑可不是那么容易的，要费劲了)
胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
21话 决められた道をただ步くよりも
说明：这关可以说是十分的简单。第二回合结束后，敌方援军会在左面出现。第三回合，我方的三个候补队员就会强制出场(笔者是一直拿他们当候补)，此时他们的座机都会变成高达系。
重点：本关的敌人和13话中的敌人一样，有让各种武器的攻击力减弱的屏障(机体的特技)，不过光线除外，因此，高达系的主角们可以大干一番了。而其他人最多打个4000左右的HP就不行了。
胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
22话 “来访者”を守り拨け
说明：这关先要保护九十九从上面撤退，在一路上敌人并不是很厉害，但是HP都比较多，因此要多利用地图武器和援护攻击。在九十九从最上面撤退后，敌人有援军出现在左上角，但只有一个，如果大家玩过其他的机器人大战系列大家应该认得他。敌人全部被消灭掉时，我方有三名队员加入，在中间方向，同时敌人的援军部队也会在右下角出现。当右下角的BOSS被击破后，女主角出现，并把新来的三个人中间的一个带走。
重点：这关要多依靠两个主舰的武器，先把两个主舰放在最上面，然后后面的队员在去歼灭已经消耗很多HP的敌人部队。敌人并不是很多，但还是要小心。
九十九撤退前的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
九十九被急迫
九十九撤退后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
23话 “俺たちの战争”が始まゐ
说明：这关一上来就只有一个人，快往右下角跑吧，大部队会在那里出现。。当第二回合结束后，敌人也都进攻完时九十九会赶到，把元一郎叫走，此时大水牛(デュ-ク)会赶到，不过第三方部队会同一时间在左下角出现。第五回合时，我方大部队到来，是在右下角，准备战斗吧。
重点：笔者建议一上来先别动，利用精神集中躲避敌人的进攻，等到大水牛来的时候一起想右下角跑。然后利用主舰的地图武器进行进攻。敌人又是那些有防御武器攻击的特技的敌人，大家应该知道怎么对付了吧。
水牛到来前的胜利条件：敌方全灭
失败条件：月面フし-ム被击破
水牛到来后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：月面フし-ム被击破
水牛被击破
大部队到来后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
24话 梦色の追迹者
说明：第二回合，我方在左边便会有4名增援，不过都是NPC。第三回合，大部队赶到。当敌人的先头部队(最开始移动的部队)被消灭一半多的时候，敌人的增援部队就会在中间出现，再下个回合，科会驾驶GP03D出现在左上角，而盖特、水牛和他的女伴会在左下角出现，并破坏敌人基地成功。当一开始的那个武士BOSS被击破后，一开始上来的那五个人都会撤退，而在右下角又会出现第三方的部队。
重点：本关的敌人都不好对付，尤其是第三方的部队。如果在此之前科的等级在22左右的话，对本关来说将十分有利，笔者在此之前没有练过他，以至于他的等级只有11级，连个敌人都打不到。
大部队到来前的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方全灭
マイヨ被击破
大部队到来后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
マイヨ被击破
当マイヨ撤退后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
25话 星灯りの小夜曲
说明：一上来主角就不在了，大家只能靠自己了。当第二回合开始时，上一关的那五个人会在左下角出现。他们不会攻击我方部队，而是攻击敌方的部队。
重点：这关的敌人的能力有了很大的提高，右面的那部分的小兵有强化人间的特殊技能(相当于NEWTYPE能力)，因此命中率和回避率都有了上升。
胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
过关后有分支：A.デビル机动要塞の放はどうなっていゐ!?
B.マリ-メイア军の方どうなっていゐ!?
26话A 君を永远に爱してゐ
说明：第三回合结束后，敌方的增援部队在左面赶到，而此时マイヨ也会在下面出现增援我方(那个地方出现的一点也不好，还不如不来)，ケ-ン也会重新加入我方部队。当敌人全部消灭后ウォン后乘座复合高达出现在上面，他并不厉害，只是HP多点，装甲厚点。将他击毁后，被DG细胞侵蚀的零驾驶着恶魔高达最终化状态的机体出现在附近。将她击毁就会看见《机动武斗传》的结尾部分。
重点：本关的敌人是不会移动的，但是只要你到达他的攻击范围里，他就会向你进攻的，所以要好好的利用这点，慢慢的推进。笔者就是打了一共30个回合才完事的。因为本关有3个BOSS，所以在武器和精神的使用方面要注意。其中以最后的恶魔高达最难打，因为它有HP恢复的特级，武器的攻击力也十分强大，要活用精神才能出奇制胜。
ケ-ン加入前的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
ケ-ン被击破
多蒙被击破
ケ-ン加入后的胜利条件：敌方全灭
失败条件：我方战舰被击破
多蒙被击破
附送结束时的剧情(《机动武斗传》的结尾剧情)：多蒙在他的同伴的帮助下，将复合高达击败，自己赶去就零。但是此时的零已经被恶魔高达的DG细胞所侵蚀，而且恶魔高达也已经到了最终状态，它正在把自己的魔爪伸向地球。无论多蒙怎样呼唤，零都是对他不理睬。在朋友的提醒下，他讲述着过去和零在一起美好的生活，并说出了能让零敞开心扉的咒语—我爱你。此时的恶魔高达已经停下了所有的活动，零也摆脱了恶魔高达的侵蚀，扑进多蒙的怀中，他们两个人一起使用了最强的绝招—爱的石破天惊拳，一击将恶魔高达彻底的摧毁了。
